Por lo que cuentas, parece claro que tienes que hacer dos transmisiones y una baja de bandera, si quieres cambiarla a bandera de coherencia.
Una primera transmisión del propietario "registral" a su viuda, siempre y cuando ella sea la heredera/legataria, o a sus hijo/s si los hay. O a quien o quines hayan heredado el barco. Esta transmisión no tributa per ITP/AJD, ya que lo ha hecho por ISD.
Una vez el barco está a nombre de alguien vivo que pueda disponer de él, una segunda transmisión de esa persona a ti. En este caso tributarás por ITP/AJD, normalmente el 5% del valor declarado en la compraventa o según tablas AEAT.
Independiente de los impuestos, tendrás que liquida una tasa 790-025 por cada cambio de dominio. Entiendo que la primera transferencia de propiedad será a cargo del vendedor, tú no tienes responsabilidad en que el barco no esté a nombre de quien lo vende, aunque en D civil prevalece la voluntad d elas partes y podeis acordar lo que queráis.
Las otras tasas que comentas no corresponden a transmisiones, si bien tendrás que pagarlas como armador. Es posible que la gestoria ya te las haya presupuestado dentro de su minuta. O no. Pero para la mera transmisión no se liquidan.
Una alternativa es hacer el cambio de bandera antes de que tu adquieras la propiedad, pero el ITP/AJD del 5% (según autonomia) lo tendrás que liquidar igualmente.
Pagar, pagar, pagar, pagar,...
