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La respuesta a tu pregunta está en la Ley 14/2014 de Navegación Marítima

Artículo 22. Exhibición del pabellón y submarinos.

1. Los buques que naveguen por los espacios marítimos españoles deberán estar abanderados en un solo Estado y llevar marcado su nombre y puerto de matrícula. Llevarán asimismo izado su pabellón en lugar bien visible cuando naveguen por las aguas interiores marítimas o se hallen surtos en puerto o terminal nacional.

2. Los buques extranjeros, salvo los de guerra, enarbolarán, junto al suyo, el pabellón español, conforme a los usos marítimos internacionales.

3. Los buques submarinos extranjeros y otros vehículos sumergibles deberán navegar en superficie y con su pabellón desplegado cuando naveguen por las aguas interiores marítimas y por el mar territorial españoles.

Los submarinos extranjeros que naveguen sumergidos serán invitados y, en su caso, obligados a emerger. En caso de impedimento debido a avería, tendrán obligación de señalarlo por todos los medios posibles.

4. Los reglamentos podrán establecer exenciones a la obligación de que las embarcaciones exhiban las marcas, el nombre y el pabellón.