Hacienda maneja una serie de tablas que indican el valor (a efectos fiscales) de muchos de los modelos más comunes, y el % de depreciación anual para el resto de barcos. A partir de ahí averiguarás el valor del barco a efectos fiscales (yo pondría ese valor en el contrato de compraventa), y aplicando el tipo impositivo, sabrás cuanto tienes que pagar.
Para que te hagas una idea, esta página (es del gobierno de Canarias, pero no creo que cambie mucho en otras comunidades) te permite hacer los cálculos:
https://sede.gobcan.es/tributos/jsf/...arcaciones.jsp
Añado: esta página permite hacer el mismo cálculo:
http://www.nautidoc.com/valoracion_embarcacion