Buenas tardes, @gnomo.
Cuando leí tu título, pensé que te pasarían por la quilla por el término ventana, pero ceo que la has sacado barata.
Los cofrades han sido llamativamente benévolos contigo o deben haber estado durmiendo la mona o simplemente han pasado de ti...
Mi consejo, es que no lo hagas.
La cabina de un velero tiene curvas y es muy difícil adaptar las planchas de metacrilato, policarbonato, o lo que le hagas, a la forma de la cabina. Más, en veleros pequeños, que son los que no suelen llevar portillos.
Además, como bien te señalaba el cofrade @folkboat, corres serio riesgo de debilitar toda la estructura, al meterle boquetes para las "ventanas".
Suponiendo que estructuralmente pueda hacerse, suponiendo que cortes perfectamente la fibra sin hacer una chapuza, suponiendo que consigas cortar el metacrilato milimétricamente a medida, tienes un gran problema a la hora de lograr la unión a la cubierta y su estanqeuidad.
Ten en cuenta que barcos con portillos de serie, aún renovándolos por portillos originales, siguen teniendo filtraciones de agua.
En fin, te desanimo a que lo hagas.
Por cierto, nos dices qué barco tienes?
Saludos!