Tengo ese mismo motor en un MKII, y me paso exactamente lo mismo, que estas relatando, despues de volverme loco buscando el motivo, resulta que me comentaron si no cojeria aire la boquilla que succiona el gasoil desde el tanque, y comence a llevar siempre el tanque mas arriba de la mitad, es decir, calculo el consumo y cuando despues de unas horas lo llevo por debajo de la mitad hasta que llegue aproximadamente a un tercio le vuelvo a rellenar...esto solo lo hago si lo voy a llevar a un regimen entre 2500 y 2600 rpm que no es lo habitual ya que lo suelo llevar sobre las 2200-2300 y ya me hace una buena media, sin ola o corriente en contra entre 5,5-6 nudos que para mi esta bien...
El problema cuando baja el gasoil si lo llevas revolucionado, es que en cuanto el barco escora algo por la ola, y chupa algo de aire la boca de la tuberia en el deposito, rapidamente llega al circuito de alta y baja rapidamente la compresion hasta el ralenti...a mi me ha pasado en alguna ocasion con ola por el traves entrando con viento a la marina, y me pense que se me paraba, gracias a Dios no se paro y al bajarle recupero y pude seguir con la arrancada necesaria para entrar al puerto, la ultima vez, me paso hace un par de meses y se me paro el motor, me hice una travesia larga, de una 5 horas y estaba escaso de gasoil por lo que chupo mucho aire en una escoradita, y se me paro el motor, justo llegando al club...tuve que purgar los inyectores, desenroscando las tuercas que los unen un poco y dando al arranque poco a poco hasta que salio el chorrito de gasoil por cada uno de ellos hasta sacar todo el aire del circuito de alta...luego los fui apretando rapidamente (esta maniobra hay que hacerla entre dos personas) y, ahora ya arranca perfectamente...
prueba a llevar el deposito por encima del medio tanque y haz la prueba, pero antes purga el circuito de alta por los inyectores como te digo... aun podrias tener aire por ahi...