[Ramonplasencia]

Mi teoría desde mi ignorancia:
Yo revisaria en primer lugar el selector de baterias o interruptor principal, posiblemente tenga un mal contacto.
En el puerto, con la batería cargada, es capaz de pasar suficiente energía para arrancar el motor. Fuera, con la batería un poco descargada, y con la resistencia de un mal contacto en el selector de baterias, no es capaz de arrancar.
Al poner las dos baterías vuelve a tener suficiente amperaje.
Al llegar a puerto, despues de navegar un rato, vuelven a estar cargadas y pueden arrancar por separado.
Yo haría la siguiente prueba: bien con un amperímetro de pinza medirlo directamente o bien en puerto arrancar y parar el motor varias veces con una sola batería, a ver si despues de varios arranques se queda muerta.
Suerte y un saludo.