que modelo de cargador es?
De todas maneras la respuesta te la ha dado Antares77.
El separador de carga es un diodo, que deja pasar la corriente hacia el positivo de la bateria pero no al reves. Por ello el cargador inteligente no puede medir el voltaje de la bateria.
Si es un cargador de una salida tienes el problema de que o bien solo puedes cargar una bateria o bien todas en bloque conectadas en paralelo,lo que no es muy recomendable. Lo mejor es que cada bateria se carge al ritmo que necesita segun estado de descarga.
Para ello hay cargadores inteligentes con dos o mas salidas.
Lo que puedes hacer, ya que tienes ese cargador, es conectarlo a la bateria de servicio, y comprar uno inteligente de dos salidas para las de servicio.