Hola, en principio el compartimento motor debería llevar de origen más que suficiente ventilación, bien por medio de una manguera, rejillas, etc., otra cosa es que se haya tapado en alguna brico.
Aun así tu motor mete en el compartimento entre 4000 y 6000 litros de aire X minuto solo para su consumo (admisión). Nada menos que entre 240000 y 360000 litros x hora.
Meter un ventilador que extraiga el aire igual no es muy buena idea, en todo caso sería lo contrario, aunque en un velero no tiene ningún sentido y muy poca utilidad.
Si el motor desfallece (baja poco a poco de Revoluciones y después se recupera, eso a mí me suena a falta de alimentación de combustible, filtros, membrana, etc. O por exceso de temperatura del interior del motor, refrigeracion.
El olor puede ser por fugas de gasoil, aceite, etc., en circunstancias normales no debería oler aun calentándose.
También sería interesante controlar si realmente se calienta mucho, y cuanto, pero usando un termómetro laser, no a ojo. Si el motor se pone externamente a unos 50-60º es perfectamente normal.
La temperatura que debe ser correcta es la del interior del motor y circuito de refrigeración, la del exterior del motor no es más que un reflejo, el motor se calienta desde dentro hacia afuera, no al revés, por lo tanto la temperatura del exterior de la carcasa tiene poca importancia y desde luego no es la responsable de la gripada.
Revisa tu circuito, (toma de mar, tuberías pre, y post bomba, es importante que la
pre sea del tipo anti aplastamiento.
Vigila que no tengas el interior del motor taponado por depósitos de sal, etc.
El agua debe fluir limpia y en cantidad por el escape.

