La verdad es que lo mas probable es el desgaste de la tapa.
El barco que tengo es de segunda mano, y desde el principio tiraba poca agua.
Como tenia rodete nuevo por el dueño anterior, cambié codo de escape, el original con 20 años: destrozado. Desmonté tubos y limpié circuito, pero seguía igual. De hecho cada vez peor y tras apenas 70 horas de uso tiraba tan poca agua que se calentaba. Así que aunque el rodete parecía estar bien, rodete nuevo.
El resultado es que volvió a como cuando le compré, no tira mucha agua, pero no se calienta, por lo menos mientras no pase de 2500 rpm. Le he puesto un sensor de los chinos para navegar tranquilo.
El caso es que la tapa tiene claros signos de desgaste, y cuando le puse rodete nuevo me dio el mismo susto que a ti. Tras una hora o poco más, no tiraba apenas nada de agua, cuando al salir funcionaba perfecto. Como estabamos ya entrando a puerto, lo dejé, y al día siguiente funcionaba perfectamente

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Pense en un plastico que habia obstruido la toma de agua y se había soltado por la noche, y no le di más importancia.
Pero que no refrigere bien me sigue preocupando.
Ahora sospecho que el rodete nuevo, al tener que ajustarse al desgaste de la tapa dejó de funcionar, aunque tras unas horas y enfriarse, se terminó de amoldar al desgaste de la tapa y volvió la bomba a trabajar
Lo de poner una junta mas fina reduce la holgura y puede valer, pero la solucion buena es cambiar la tapa, o si es posible, darle la vuelta para tener una superficie plana como nueva. Yo lo tengo pendiente, pero es que como funciona bien....si no fuerzo

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Suerte

que sea eso y que con darle la vuelta a la tapa lo soluciones.