Tienes que pagar el ITP, sí o sí... el que Hacienda pueda o no saber que te has comprado un barco con bandera holandesa es indiferente, nos guste o no, estamos obligados a pagar laos mismos impuestos cuando compramos un barco de bandera española que si tiene bandera holandesa.
Como te han indicado, conviene que verifiques si el Impuesto de matriculación está pagado.
salud!!!