Se me ocurre utilizar un relé del tipo normalmente cerrado entre los positivos de las baterías, que se abra cuando se conectan las baterías con el selector y que cuando te vas del barco y desconectas las baterías, vuelve a su posición cerrado interconectando los dos grupos de baterías para que el regulador de carga de la placa cargue todas las baterías.
Un saludo