Hablamos de un conector DB9, anteriormente conocido como de puerto COM ¿no?



¿No estamos hablando de un convertidor SERIAL-USB.. cierto?



Si es un conector SERIAL de verdad, incorporado al PC es normal que no varie nada al listar las consolas tty pues siempre esta incorporada al equipo.



Caso diferente es si usas un convertidor, pues este puerto SERIE ficticio se crea al conectar el cable USB y por tanto aparece y desaparece según se conecta o desconecta el correspondiente cable USB.

En tu caso si el puerto es real supongo que basta con que indiques a OCpn que cree una nueva conexión SERIE a 38400 baudios y con base en /dev/ttyS0 o S1 si es que hay varios. Ve probando.