Efectivamente no puedes elegir tecnologías distintas para cada salida. Pero eso tiene sencilla solución. La diferencia fundamental consiste es que para las baterías de ciclo profundo (ya sean AGM o Gel) el cargador envía unas decimas más de voltios durante un poco mas de tiempo. Lo cual se puede solucionar de varias formas. Una puede ser montar entre el cargador y la batería del motor un diodo que hará bajar esas décimas. Otra, depende del barco, montar el cargador cerca de las baterías de servicio y lejos de la de motor. De todas maneras tampoco creo que le haga daño esa diferencia a una batería de ácido.
