Con esa foto nada más me cuesta entender la construcción de la embarcación, parece que a proa de la madera solo había una fina capa de fibra y ya está la espuma de debajo de la bañera. O sea, parece que se puso sobre el casco un mamparo de madera, se laminó y después se montó la cubierta y la bañera encima y se rellenó de espuma desde algún agujero.
Si es así, no sé si eres capaz de quitar totalmente la madera podrída, deberías quitarla y reforzar de nuevo.
Creo que lo básico sería aislar la espuma para que no le entre agua desde el cofre. Casi seguro que es espuma de poliuretano expandido, que absorbe bastante agua. Lo suyo debería ser laminar con mat y algún tejido y si realmente está aguantando la bañera habría que darle cierto grosor para que el casco y la bañera no pierdan consistencia.
Yo prescindiría de ponerle otra vez madera, va a ser muy dificil de que hagas estanca con ella el mamparo y el soporte que le iba a dar a la bañera iba a ser bastante pequeño.
Si envías más fotos podría confirmar si lo que digo es cierto o me estoy colando en algo...
Un saludo
