En el caso que planteas, respecto a ti hay que aplicar el Código Civil y por tanto tu tienes nacionalidad española y estas en territorio español, a partir de ahí tienes que realizar los trámites que sean preceptivos en la capitanía correspondiente, si lo permiten (que no en todas se permite). En cuanto al barco, es un bien de tu propiedad pero registrado en otro país, por lo tanto no le es aplicable la legislación española, si no la del país de registro. El bien registrado en otro país está en España porque hay libertad de tránsito entre paises de la UE, y así mismo se le aplica la legislación marítima. Con lo cual puede estar por tiempo indefinido en puerto base en España. La residencia de un español en un bien de su propiedad registrado en un país extrajero pero de la UE, y que está legalmente en España, es irrelevante.
