Cambia el cable. La mayoría de cables USB son demasiado finos para transmitir toda la energía que requiere una Rpi 3 en los momentso "burst" -de alta demanda-.

Yo para la Rpi3+ he tenido que fabricar un cable adecuado y alimentarla directamente por el GPIO con una fuente de 4 Amperios.

En el barco con una Rpi 3 la alimento con dos convertidores de mechero a la vez. Uno por el micro USB y otro por el GPIO.