Yo lo pregunté cuando empecé a navegar fuera de España. Es importante llevar a bordo, al navegar por otro país, el certificado del IVA del barco. Si no se lleva a bordo y te lo solicita la autoridad aduanera del otro país puedes verte obligado a pagarlo de nuevo en el momento, so pena de no poder seguir tu viaje. Para un barco comprado de segunda mano como el Corto Maltés, se trataría del certificado del Impuesto de Transmisiones Patrimoniales que es el equivalente al IVA entre particulares. Y ese tiene que tenerlo cualquiera que compre un barco, igual que un coche o una moto de segunda mano.
Tu responsabilidad con Hacienda es por la última transmisión, la que hizo que el barco pasara a tu propiedad, no la del primer comprador con el Astillero.