Puedes configurarlo para que guarde con la frecuencia que quieras. Cuanta mas frecuencia mas exacta la derrota. Genera archivos de extensión gpx que son un estándar en este campo. Puedes también convertir las derrotas en rutas para poder volver a recrear el recorrido. En el gestor de rutas, marcas y derrotas veras las opciones.

En este enlace:

http://opencpnayudaes.yolasite.com/marcas.php

Se habla de este asunto, especialmente abajo del todo sobre las derrotas guardadas. Échale un vistazo.