Las baterías del motor yo siempre las he tenido en banco separado de las de servicios, creo que es algo lógico y si no lo tuviera así estaría arrancando el motor cada 3 minutos.
Si solo había dos baterías, conectadas entre si y todos los servicios se alimentan de ellas ademas del motor, igual tenia conectada hasta la nevera.
Si yo tuviese el barco con esa instalación digamos peculiar, dispondría por lo menos de un generador portátil para cargar baterías o un booster para arrancar en caso de emergencia.