[Perseis]

No pides tu nada... jeje

Como decía el amigo Jack, vayamos por partes.
Para medir el consumo con el monitor de baterías necesitas un elemento sensor de corriente. Lo más normal es, como dices, un shunt, que es una resistencia calibrada de un valor muy pequeño y que se conecta entre el negativo de la batería y la masa. Otro método, menos habitual, es el uso de una pinza amperimétrica de corriente contínua, que es una especie de anillo que abraza uno de los cables que va a la batería. Si no tienes nada de esto solo puedes monitorizar la tensión, es decir tienes un simple voltímetro no un monitor.
Las baterías de servicio y del motor se separan teniendo circuitos independientes para cada cosa. Ambos circuitos tienen en común el negativo, que va a masa. Esto no quiere decir que compartan los cables del polo negativo (vamos, no deberían). de cada batería o grupo de baterías debe salir un cable negativo independiente aunque en algún punto se unan. Los elementos de consumo se conectarán a su negativo correspondiente.
El problema surge cuando disponemos de un único elemento de carga (alternador, cargador, etc) para los dos circuitos. Hay que insertar un entre el alternador y las baterías un artilugio que permita cargar las dos pero que no permita el paso de corriente entre servicio y motor. Esto es un separador de baterías (el "isolator" que dices). Además, el aparatejo en cuestión tiene que pasar tensión de control al alternador para que este deje de cargar cuando la baterías están llenas. El alternador tiene que estar preparado para eso y no tomar esa tensión de los bornes de carga.
Respecto a los cargadores, hay que usar cargadores con salidas independientes.

Espero que te haya aclarado algo.