¿Estan los dos depósitos a la misma altura?...
Si es así, ¿tienen los dos depósitos un tubo que vaya al fondo del depósitos o le falta al que no se vacía?
Si tienen ese tubo para haceer el sifón correspondiente, comprueba que no esté atascado uno de ellos, y también que los suspiros dejen entrar el aire a los depósitos, si no no se vaciará, lógicamente.
A lo mejor no es problema del "genio" que lo instaló, si no del "genio" que los mantiene en uso.
