Dado que los separadores de carga tienen la función de diodos, creo que lo más sencillo para separar las cargas desde los alternadores sería inastalar dos separadores de carga, puesto que tienen una entrada y varias salidas, cada alternador a una entrada de uno de los separadores y las salidas a los distintos bancos. Ahora ya hay un detalle que sería a gusto del consumidor: los separadores con tres salidas, una salida de cada separador para el banco de servicios, una salida de cada separador para la batería del motor 1 y una salida de cada separador para la batería del motor 2 o bien que los separadores sean de 2 salidas, una de las salidas de los dos separadores para el banco de servicios y la otra salida para la batería del motor del que se alimenta.
En principio, si la batería de motor es solo para el arranque del motor, no debería haber descarga si no se arranca ese motor, por lo que me decantaría por la segunda opción. Si temes quedarte sin una de las baterías y quieres garantizarte el arranque de su motor asociado, podrías disponer un puente entre los positivos de las baterías de arranque con un seccionador por medio que solamente conectarías enm caso necesario y una vez que uno de los motores estuviera arrancado.
