Echo en falta un separador de cargas y entiendo que el arranque del motor no pasa por el selector. El motor, en el arranque, puede tener picos de hasta 600A y los selecotres suelen estar preparados para un máximo de unos 100A los normales. Otro fallo de no haber separador de cargas es que si te dejas el selector en posición OFF (ninguna batería seleccionada), el alternador no tiene consumo de energía y se acabará averiando. Además, no está claro qué batería está reservada a servicios y cual es para el arranque del motor, cosa muy recomendable para evitar sorpresas.
Así, rápido y por encima, te planteo este esquema, en el que habría que desarrollar los circuitos de servicios, poner fusibles, etc., y es mejorable, pero como ejemplo básico, sirve para ilustrar un poco como lo pondría yo (y partiendo de este esquema es como lo tengo yo en mi barco).
Sigues poniendo en cortocircuito las dos salidas del cargador si pones el selector en posición de ambas baterías, pero en principio, el selector debería estar habitualmente en la posición de la de servicios y los cargadores ya vienen preparados para este supuesto. Otro tema a tener en cuenta es desconectar de tierra antes de arrancar el motor para evitar cepillarte el cargador de baterías.
