La verdad es que yo tampoco entiendo lo de cargar unas a través de las otras, pero vamos a ver qué es lo que se me ocurre..
En primer lugar, lo de los 70A del separador. Eso viene condicionado por la potencia de carga de tu alternador. Si es inferior a esa cifra, no problem. Si es superior, puede que si un día se pone a dar todo de lo que es capaz (dificil - condiciones de descarga total de baterías), se te funda.
Lo del cargador: si tiene dos salidas independientes, una es para la del motor y la otra para el banco de las de servicio. Fíjate en lo del "banco de las de servicio", pues al estar instaladas éstas en paralelo, funcionan como una sola (pero de capacidad sumada). Por ser independientes, el cargador dará la carga que necesite a cada banco.
Lo de los cablecitos: ahí no estoy tan seguro, pero me imagino que son los cables que, al excitarse ante una carga proveniente del alternador, une los polos de ambos bancos.
En cuanto lo del motor, creo que 55 cv son suficientes para arrastrar un alternador "normal" y tampoco creo que vaya tan justo como para que entonces lo note en su normal trabajo que es el de propulsar el barco.
Piensa en lo ya comentado antes: primero ver la potencia del alternador y luego que eso solamente lo dará en condiciones muy puntuales. Lo normal es que no trabaje más allá del 30% del total, siempre y cuando no dispongas de un Adverc o algo parecido, con lo que sí lo tendrás muchos ratos trabajando al 100%.
Ojo con los voltios, que pican...