He encontrado esta solución:
Un interruptor (en la foto, el de más a la derecha) con posición 0 y 1, en cero todo desconectado y en 1 los dos circuitos activos pero independientes.
Y una posición de "emergencia" con los dos circuitos conectados en paralelo.
Para instalarlo no puede ser mas fácil, una línea a cada lado.
Salgo a navegar le doy al 1, puedo arrancar el motor en cualquier momento sin tener que bajar a cambiar nada. Llego a puerto lo pongo en 0.
Vamos con la carga, intercalando el famoso relé en el circuito, el alternador del motor (o el cargador a 220v en el pantalán) me irá cargando primero la batería de uso exclusivo al motor y luego la otra. Para ponerlo más fácil aún el fabricante tiene a la venta un kit con las dos cosas y video explicativo.
https://www.bluesea.com/products/765...-<br />
_120A
https://www.bluesea.com/resources/53...-Battery_Video