Siento decirte que el problema es mayor.
Al entrar agua por el transom, se te han mojado los rodamientos de la campana de motor y de superior de cola.
Estos al no ser inoxidables se habrán oxidado. La próxima vez que lo arranques puede ser que se queden trabados y deformen el asiento de la campana y de superior de cola.
Has de sacar la barca y cambiar fuelle, brida, retenes y rodamientos. Verifica el aceite de la cola que no tenga agua o haya emulsionado.
También si ha entrado agua en la campana puede haber mojado motor de arranque y haber blocado el bendix