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Tan solo se me ocurre un caso en el que podría ser bueno acreditar que una embarcación ya tiene el IVA pagado, pero no sería tu caso, si compras en UK.
Si importas definitivamente a la UE una embarcación de un país tercero, tendrás que pagar IVA y posiblemente aranceles.
Podrías evitar el pago del IVA en esa importación, si acreditas que el IVA se había pagado porque esa embarcación ya estuvo en la UE y que al exportarlo no se pidió la devolución del IVA.
Acreditar esto puede ser realmente complicado, por que tendrías que saber cómo afecto el IVA a cada uno de los propietarios anteriores.
Una embarcación, durante su "vida" puede pagar el IVA varias veces, algunos propietarios pueden tener derecho a deducirlo y otros no. Por eso no puede existir un documento que acredite que el IVA está pagado, ni nadie, mientras te muevas por la UE, te puede pedir que lo acredites.