Hola Kotick, te paso las características de tu Victron, mira las tablas de funcionamiento del relé (tiene 4 opciones de trabajo ) en función a la carga de la batería de motor, (la primera que empieza a cargar), y comprueba que la tensión que suministra el alternador no fuera suficiente para que el regulador Victron entienda que todavía no debe cambiar la batería a cargar, si lo pones en sistema de conexión manual (start assist) y carga las dos baterías solo durante 30 segundos es normal, ya que ese sistema es solo para emergencias, y poder utilizar la batería de servicio para arrancar el motor y eso solo te permite hacerlo durante 30 segundos. Comprueba que la instalación que llevas hecha del Victron coincide con el esquema de montaje que te adjunto. No sería la primera vez que llevamos una mala instalación "heredada" desde la compra del barco.
Saludos y que tengas suerte....
https://www.victronenergy.com.es/upl...-i-400A-ES.pdf