[javijust]

Tiene pinta de que el motor tira de la bateria de servicios o tienes la electronica conectada a la bateria del motor. Si la conexion es correcta igual hay algun problema con el puente de diodos de carga.

Yo desconectaria un borne de la bateria de servicios e intentaria encender la electronica, no deberia arrancar. Lo mismo para la de motor, intenta desconectar un borne a ver si el motor arranca.