Si no lo he entendido mal, la batería de servicios, conectada en su borna, carga bien. La de motor, en su borna, carga mal. Al poner la batería de motor en la borna de la de servicios, carga mal. El fallo se traslada con la batería, según parece. ¿Estás seguro de que a la batería no le llega alimentación del alternador por algún otro sitio?
es muy raro que la misma borna del aislador funcione correctamente con una batería y no con la otra. Prueba también a hacer el cruce completo: la batería de servicios en la borna de la batería de motor y al revés, la batería de motor en la borna de servicios. Esto, de forma simultánea. Mide los valores y nos comentas.
Otra prueba podría ser conectar directamente el alternador a una de las baterías y medir la tensión, sin separador, para descartar.
