Si como comentas te ocurre yendo a motor, el causante del problema no es el piloto, sino el motor.
La alimentación del piloto supongo que vendrá de una bateria de 12 voltios. Y el motor, ya sea fueraborda o interno, se encarga de cargar la batería. Estos tres dispositivos están conectados en paralelo.
El piloto automatico no es más que un pequeño ordenador. Todos sabemos lo sensibles que son los sistemas digitales a flutuaciones de la fuente de alimentación, lo que en el mundillo se conoce como interferencias, fluctuaciones, y más técnicamente "transitorios".
Es razonable pensar que el motor introduce transitorios en la alimentación. Puede deberse al propio generador (alternador+regulador) o una derivación o pérdida de la misma chispa de la bujia.
Los pilotos llevan condensadores y bobina de filtro para protegerse de estas cosas ya que están en un entorno eléctrico hostil.
Yo tuve el mismo problema. Solo que ocurría al acelerar mucho el motor fueraborda. Lo solucione mejorando el filtraje de de la alimentación al piloto, intercalando unas bobinas antiinterferencia y agregando condensadores de filtro a los ya existentes.
Nunca llegue a eliminarlo, con motor muy acelerado pasaba en algún momento, muchas menos veces. En marcha normal no me daba problemas, y a vela, por supuesto, ningún problema.