Mientras las dos baterías estén bien, no suele haber problemas, hay pruebas que indican que se les puede acortar levemente su vida útil, pero esto al fin y al cabo, tampoco suele ser tan acentuado. El único problema que podrías tener serái que una se agote, no cargue y haga que la otra se descargue, pero esto te puede suceder aún y que las baterías fuesen del mismo amperaje, marca, modelo y lote de fabricación.
Otra cosa es que una esé dedicada solo al motor y la otra a los servicios y se separen mediante separador de cargas, pero esto ya es otro tema.
