Hay una herramienta adecuada para eliminar las juntas
https://www.pesquerasynavales.com/pi...g-systems.html
supongo que con el filo en condiciones con algunas pasadas una vez eliminado el sika viejo podrás darle algo mas de profundidad, la fresadora en lo ideal pero sin guía es complicado y utilizar la pletina que lleva la fresadora utilizando una de las juntas una vez vaciada es posible que pueda servir de guía, es cuestión de probar primero con la maquina parada y la fresa en la profundidad actual para ver si sigue bien el curso de la hendidura.