Dos consideraciones: si te quedas sin baterías y aún y así puedes arrancar el generador porque se pueda arrnacar de forma manual sin necesidad de baterías, no intentes arrancar el motor del barco nada más arrancar el generador, necesitas un tiempo de carga de baterías para no cargarte los fusibles del alternador del generador o el alternador en sí. Piesna que el alternador proporciona un determinado amperaje y un motor al arrancar necesita un pico muy alto de amperaje.
En cuanto al combustible, te aconsejaría que los depósitos estén separados, no vaya a ser que con el generador consumas el combustible que necesites para la navegación sin darte cuenta, aunque con un bypass mediante una llave de paso por si necesitas arrancar el generador aún y habiendo consumido su combustible (o al revés, que puedas transferir combustible del generador al motor principal en caso necesario).
En cuanto a lo de la necesidad de arrancar el generador, todo dependerá del consumo que necesites. Por ejemplo, si solo es para iluminación y poco más, con las baterías de servicio debería bastar, ahora bien, si tienes nevera y necesitas que enfríe, un horno eléctrico y necesitas utilizarlo, etc., ya necesitarías tirar del generador.
