Me parece muy sensato el consejo de Custo, primero un bautizo, para saber como es el buceo autónomo, y si te gusta, adelante con el curso completo. La mayoría de centros te descontarán lo que has pagado por el bautizo si decides continuar formandote con ellos.
Con respecto a la certificación, es cierto que el instructor es lo más importante, pero también es verdad que si viajas por el extranjero hay algunas más reconocidas que otras. Si en el centro que elijes, puedes optar a varias empresas certificadoras (lo que es bastante habitual), elige la más extendida a nivel mundial.
http://www.wrstc.com/agency.php?country=europe
Si no me equivoco PADI certifica a más buceadores que el resto de organizaciones juntas.