Yo creo que la Patente de Navegación, de acuerdo con lo que indicas, dejó de tener validez al ser sustituida por el Permiso de Navegación y el Certificado de Navegabilidad. El hecho de que dejaran de actualizarse los datos que figuran en la Patente de Navegación es prueba de que se trata de un documento ahora inválido.
Quizá podrías tratar de hacerles ver que en tu Hoja de Asiento figura la expedición del Permiso de Navegación y el Certificado de Navegabilidad, que sustituyen a la Patente de Navegación.
Quizá otra posibilidad es tratar de subir un nivel: si el funcionario de ventanilla no te resuelve la situación, pedir hablar con su jefe directo. Esto, en las actuales circunstancias, puede ser difícil, pero yo no dejaría de intentarlo.
¡Suerte!
Saludos y
