Gracias a todos por contestar!!
La verdad es que parece mentira que hagan estas chapuzas en barcos que valen un dineral. En fin, he vuelto a quitar todo lo que he podido del cordón de sica y como comentáis levantaré en las zonas que están despegadas desde el interior, coincide que son las que están más hacia proa y hacia los laterales y los pegaré ésta vez con Ceys Total Tech y luego rellenaré todo el cordón alrededor del metacrilato.
Según me comentó un vecino de pantalán que tiene un taller mecánico, éste producto tiene más capacidad de adaptación a cambios de temperatura y también más flexibilidad, no sé, ya os contaré...
Por si a alguno os interesa, mi mecánico ha mirado el precio del tragaluz en Beneteau y son 1.095€ IVA incluido (Código #062813), además habría que sumar varias horas de trabajo para quitar el viejo y poner el nuevo, según me dice pueden ser unas 30 horas!! ya que según comenta, quitar el viejo es muy complejo en algunas zonas y se avanza muy lentamente.