El tiempo de los tres años se aplica a cualquier mercancía que se encuentre en territorio UE. En este caso la mercancía es un barco. No discrimina en ese aspecto donde el barco esté registrado, por lo tanto esto es también de aplicación a un barco abanderado en España, Bélgica, Polonia o cualquier otro país. Lo que quiere decir que si sales con tu barco abanderado en España por más de tres años también te debería preocupar este punto.
Ahora bien, la misma nota indica que este plazo se podrá superar. Cuantos barcos europeos conocemos qué han estado fuera más de 3 años? En mi opinión si tu sola intención ir a navegar a donde quieras y volver cuando quieras no me preocuparia en absoluto.
En la cabecera de la nota indica que estamos hablando de el territorio aduanero de la Unión europea y de un reglamento EU, asi que imagino cambios de tal magnitud deberían ser consensuados con todos los países.

