Hola.
No he visto (no soy abogado) ninguna ley que te diga que tipo de bandera de cortesía debe de utilizar un barco con pabellón extranjero.
Así que haciendo referencia a
https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-1977-14944 la bandera a utilizar sería la de la corona ya que indica que el uso es embarcaciones de recreo pertenecientes a particulares.
Si hacemos referencia al
https://boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-1980-23701 solo dice el pabellón nacional, sería la bandera del escudo.
Resumiendo, lo que yo
entiendo podrías usar 3 banderas las que no llevan nada (regla número 1, Real Decreto 1511/1977), la que lleva la corona (regla número 18, Real Decreto 1511/1977) y la que lleva el escudo (Real Decreto 2335/1980).
Pero ponga un abogado en su vida.