Hola Beto_Chamorro, has de poder acceder a la parte de atras del alternador y ver que cables tiene conectados y en que bornes.
Entiendo que ahora tienes un sistema de carga de baterias manual, es decir, tu decides con el selector que bateria se carga.
Si es así entonces en teoria deberias tener un cable que va de la bateria al selector y de ahí al alternador y al motor de arranque, esta configuracion cambia si pones un separador.
En la instalacion con separador un cable independiente ha de ir de la bateria reservada al motor al motor de arranque y otro cable distinto ha de ir del alternador al separador.
Si puedes hacer una foto y subirla mucho mejor, normalmente todos los bornes del alternador tienen marcado que son, por ejemplo el borne "W" saca la señal de las revoluciones, el D+ para la excitacion inicial y el B+ la salida de corriente de carga para baterias (que es la que tendrías que llevar al separador por diodos).
Lo mejor es que hagas un esquema de tu instalacion y lo subes, asi confirmamos,
