[Eien]

El problema no es grave, y hay cientos de montajes así.
Lo ideal es hacer la conexión en paralelo correctamente:
Hechos los puentes que unen ambos positivos, y otro para los negativos, saca el positivo de una batería, y el negativo de la otra batería.
Espero que lo hayas entendido, así, si una está situada a tu izquierda y la otra a su lado, a la derecha, conecta el positivo de salida, por ejemplo del borne de la de la izquierda y el negativo del de la derecha.
En el esquema, es el primero de la izquierda, "Diagonalmente" con eso consigues equilibrar la carga/descarga de las 2 baterías. Eso sí, AMBAS BATERIAS DEBEN SER NUEVAS Y DE LA MISMA ANTIGUEDAD.