[Eien]

Como lo estás conectando, solo se cargará la batería que elige el conmutador.
Deberías montar un separador de dos baterías, (Argofet) y llevar a él el cable del alternador y de cada salida del separador un cable a cada batería.
De todas maneras esto no tiene nada que ver con el problema que indicas, solo es una mejora sustancial en la carga de ambas baterías.

¿Cómo has probado la continuidad? Espero que si lo has hecho con el multímetro en continuidad, hayas desconectado los positivos de las baterías, o quemarás el instrumento.

¿Cómo sabes que el motor "tira" de las dos baterías?

Comprueba lo que indica Pedro>k o también, la instalación interior, por si en algún punto, se unen los dos positivos, pero hazlo SIN TENSIÓN.