No le des más vueltas Alf46, es lo que dice Oscar1966:
"Es decir, creo que no tienes una bateria para motor y otra para servicios, sino dos baterias que puedes usar alternativamente, pero que la elegida alimenta todo."
El conmutador hace que funcione así, al tener una única salida, y así funciona ese sistema ampliamente utilizado en barcos.
Si no te gusta ese funcionamiento, debes separar los positivos, y dedicar uno para motor y otro para servicios, y conectar el conmutador para unir ambos positivos, SOLO en caso de emergencia.
En este enlace puedes ver un ejemplo...