[Northwind]

En líneas generales yo te recomiendo que cuando más simple mejor. Por ese motivo yo no pondría ningún relé automático (eso es para autocaravanas). Haz una lista completa de los consumos que tienes ya que echo en falta alguno importante como por ejemplo el molinete del ancla.

El esquema que planteas es válido siempre y cuando no pongas uses el selector de baterias en BOOTH, ALL, 1+2 o como se llame en tu selector, a no ser que sea una urgencia (baterias bajas) ya que, al ser de diferentes capacidades, tienen diferente resistencia interna y una no se cargaría mientras que la otra lo haría en exceso. De la misma forma asegúrate que siempre tengas una batería conectada (no pongas el selector en 0) mientes esté el motor en marcha ya que se estropean los diodos del alternador.

Yo pondría el cargador en la salida del alternador y así eliges que batería cargar con el selector.