No veo claro el esquema, no está correcto pero que me corrijan si me equivoco Así lo que estas haciendo es tener todo en un circuito y que este esté alimentado por una u otra batería según selecciones en el conmutador, por eso te dije lo de poner dos desconctadores simples para cada circuito. Ahora no puedo hacerte un esquema en condiciones pero si lo ves complicado le echaría un rato y te pongo como lo haría yo
Vamos a ver si te resumo un poco sin que salga mucho tocho:
Hazte a la idea de que tienes que hacer dos circuitos independientes para cada batería y sus consumos. La placa si la tienes bien, de la placa iría su positivo y negativo (+ y -) al regulador, del regulador + y - de cada salida a cada batería y un fusible de 5a en cada positivo aguas abajo del regulador. Ya tienes carga de placa a baterías y protegida la instalación. Después de la batería de arranque sacas + y - hacia los consumos que como te dije vas a usar solo con motor encendido (luces navegación, piloto, molinete, etc) eso has de valorarlo tú mismo. Puede sacar un positivo hacia el distribuidor que has puesto en la foto, que por cierto yo lo tengo y es muy cómodo pero vas a duplicar fusibles como te explico más abajo. después negativo de cada consumo a un borne o regleta de masas y ya tendría una circuito hecho.
Con la batería de servicio haces lo mismo y pones desconectador en cada positivo principal de circuito (el que vaya hacía el distribuidor, o el panel aguas arriba de este)
el panel de mando que has puesto esta muy bien ya que tiene los fusibles a mano, a mi me gusta pero estarías duplicando fusibles, el del panel de mando y el que lleva el distribuidor pero si ya lo has comprado..... seguro que se le puede hacer apaño para alimentarlo con dos baterías pero me temo que solo va a tener una entrada.... habría que verlo por detrás.
Para los fusibles de batería te pueden valer los de car audio que son redondos y gordos, con dos de 70 u 80 amperios vas sobrado, también hay unos rearmables que son más cómodos pero más caros. os fusibles has de calcular el que necesitas para cada consumo a razón de la potencia que este exija. para luces, gps, radio etc, con 5a te vale pero para molinete y carretes necesitaras unos más gordos, quizás 25amp
Por cierto, el relé no te va a romper nada, lo que consigue precisamente es AISLAR las baterías una de otra, como el aislador o distribuidor cuando el motor está apagado por lo que ahí no vas a tener problemas