Mejor en paralelo; como tú mismo has dicho, conectarlos en serie sólo serviría para que dieran una tensión innecesariamente alta, que luego tendrías que reducir a la tensión nominal de carga de las baterías.
Aunque no es tu caso, conectarlos en paralelo tiene la ventaja de que si uno queda en sombra temporalmente, al menos sigues teniendo tensión.
Saludos y
