Una cosa es la bandera y otra la situación del barco en su condición de mercancía.
Si el barco estaba en el territorio aduanero de la UE (TAU) antes del Brexit, tiene consideración de mercancía UE, que no ha perdido. Convendría obtener pruebas de ello (certificado del puerto, facturas de amarres, repostaje o mantenimiento, etc.).
Por otra parte, convendría tener pruebas del pago del IVA y del IEDMT. Si el barco fue español antes de ser británico, es muy sencillo, pues el pago de esos impuestos consta en la Hoja de Asiento. Si no fue español antes (que creo que es el caso, por lo que dices), tendrías que saber qué impuestos fueron pagados, dónde y cuando.
Para más información, mira este documento:
https://www.agenciatributaria.es/sta...a_%20yates.pdf
Una consulta a la Agencia Tributaria tampoco estaría de más, para evitar sustos.
Saludos y
