Si son algas, necesitan luz, con aislar el depósito de la luz, problema solucionado. Si son bacterias la cosa cambia.
El tema de los imanes no tiene que afectar, si los tienes siempre en el mismo sitio, te haces una tabla de desvíos y listo. Si no desvían más de 2 o 3 grados creo que no tiene importancia, el compás viene de 5 en 5 grados. No navegamos en un mercante.
Saludos.