Si tu cargador es de una sola salida tendras que poner un interruptor 1 - 0 - 2 para ir directamente sobre los bornes de las baterias.
Similar a este:
Otra opcion es poner un cargador de varias salidas y que cada cual vaya a la suya.
Si pones el cargador a la entrada del puente de diodos el cargador no "verá" la bateria en algunos modelos ya que el testigo de tensión del puente, al menos en lso victron, lo coge del testigo del alternador.
Espero serte de ayuda.