No es raro, por desgracia, que un funcionario ignore algunos aspectos de la normativa vigente.

Con el título PPER y siendo Autónomo te puedes enrolar. Hazle un Google ("enrole patrón PPER autónomo") o mejor aún, llama a la DGMM.

Los enroles te servirán para justificar días de embarque a la hora de renovar la tarjeta. En cuanto a adelanto de jubilación, olvídate: los días de embarque en barcos de lista 6ª y 7ª no generan derecho a adelanto de jubilación.